大多数常规分子诊断程序通常仅检测单个与疾病相关的生物标记。当前使用鼻拭子或咽拭子等检测新冠病毒的pcr测试就是单分子检测的一种。这样的所谓的单重方法提供了可靠的结果,因为它们被“校准”为单个生物标记。但是,要确定患者是否感染了新的新冠病毒变体或完全不同的病原体,则需要针对许多不同的生物标记对样本进行二次检测。
来自亥姆霍兹rna感染研究所(hiri)和维尔茨堡的朱利叶斯·马克西米利安斯大学(jmu)的科学家们现已为使用leopard的全新诊断平台铺平了道路。leopard是一种基于crispr的方法,具有高度可复用性,可以通过一项测试检测多种与疾病相关的生物标记。
leopard代表“利用工程改造的tracrrna和目标dna进行parallel rna检测”(leveraging engineered tracrrnas and on-target dnas for parallel rna detection),是基于cas9切割的dna可能与特定核糖核酸(rna)的存在联系起来的这一发现开发的技术。这一基因之间的联系使leopard能够一次检测许多rna,为同时检测患者样本中病毒和其他病原体的rna提供了机会。该项研究日前发表在国际知名期刊《科学》上。
leopard只需一次测试即可检测多种与疾病相关的生物标记物。图源sandy westermann / hiri
这项研究由jmu教授,hiri研究小组负责人chase beisel和jmu分子感染生物学研究所(imib)的cynthia sharma教授发起。beisel教授表示,“使用leopard,我们成功地从9种不同的病毒中检测出rna片段。”“我们还能够在患者样本中区分sars-cov-2及其变体之一,同时确认每个样本均是从患者身上正确采集的。”
crispr-cas9是一种主要用于基因组编辑的生物分子工具。在这里,crispr-cas9充当剪切特定dna序列的分子剪刀。这些相同的剪刀自然被细菌用来切割与入侵病毒有关的dna。无论是编辑基因组还是消除病毒,cas9切割都是由指导rna指导的。细菌中发现的指导rna必须与称为tracrrna的单独rna配对。然后,rna对可与cas9协同工作以指导dna切割。
人们认为tracrrna仅与来自抗病毒系统的指导rna配对。但是,科学家发现“当我们在模型生物弯曲杆菌中寻找与cas9结合的rna时,我们惊奇地发现了我们不仅检测到指导rna,而且还发现了细胞中其他类似指导rna的rna片段。”tracrrna与这些rna配对,产生了“非规范”的指导rna,可以指导cas9切割dna。
基于这一发现,他们开发了leopard诊断平台。将来,leopard的性能甚至可以使多重pcr测试和其他方法相形见绌。jmu卫生与微生物研究所所长奥利弗·库尔扎伊(oliver kurzai)表示:“这项技术不仅可以改变传染病和抗生素耐药性的医学诊断方法,而且还可以改变癌症和罕见遗传病的医学诊断方法。”
参考资料:
https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-04/uow-cdf042721.php
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